В поверхностных водах речного бассейна Днепра обнаружен 161 загрязнитель. Показатели качества воды в реке ухудшаются постоянно. Последние проведенные исследования выявили значительные превышения содержания синтетических веществ: сельскохозяйственных ядохимикатов, фармацевтических препаратов, веществ, используемых в парфюмерии, тяжелых металлов: цинка и меди, а также ртути. В речную воду также попадают удобрения, горюче-смазочные вещества, бытовая химия.
Кроме того, цветение Днепра является одной из основных причин массового мора рыбы. Ситуация также усугубляется обмелением реки, которое происходит из-за отсутствия дноуглубительных работ, которые ранее осуществлялись при использовании реки в качестве транспортной артерии. Таким образом, экологическое состояние бассейна Днепра фактически является катастрофическим.